Flora y pisos climáticos
Quedan pocos bosques nativos tupidos ya que el resto han sido destruidos por incendios o talados para sembrar gramineas. Existen paramos extensos con 'Stipa ichu', paja de páramo que es la graminea predominante en la región. A medida que se asciende aparecen plantas representativas como chuquiragua, alchemila, colonias de plantas en forma de almohadillas , musgos, liquenes, romelios, quishuar o árbol de dios, y mortiño. En la nieves perpetuadas no existe vegetación.

El bosque húmedo montano representa la parte más baja del Parque, entre los 3.400 y 3.900 m.s.n.m.; con temperaturas entre los 6º y 12º C y precipitaciones promedio de 1.000 a 2.000 mm por año. En 1981 en una investigación se encontró como especies más abundantes Stipa ichu (paja de páramo) y musgo. En menor cantidad se encontraron especies como: Halenia weddelliana (Tarugacacho), Gentiana sedifolia (Lligllisisa-sachamor), Bromus pubescens, Alchemilla orbiculata, Archirophorus quitensis, Pernetia sp. Chuquiragua jussieui (Chuquirahua) y Licopodium sp. En las parte más bajas de esta zona, se encuentran algunas especies de árboles entre las que sobresalen: Oreopanax andreanus (Pumamaqui), Prunus serótina Capulí) y Gynoxys sp. (Yanachilca-chilca negra).

El páramo pluvial Sub-Alnino comprende entre los 3.900 y 4.400 m.s.n.m. con temperaturas de 3º a 6º C y precipitaciones de a 1.000 a 2.000 mm por año. Esta zona ocupa una buena extensión del Parque, principalmente en las faldas de los volcanes Cotopaxi y Rumiñahui. Dentro de su flora, vemos todavía la predominación de la paja de páramo, líquenes y licopodios.

La tundra pluvial Anpina localizada entre los 4.400 a los 4.700 m.s.n.m., temperaturas promedio de 1,5º a 3º C y precipitaciones anuales de 1.000 a 2.000 mm. La gran característica es que la vegetación forma colonias y las gramíneas desaparecen ya que esta zona
se encuentra especialmente debajo de la zona nival y de los arenales. Una de las principales representantes son las conocidas almohadillas (Werneria sp.), y el Senecio (Culcitium canescens); además, encontramos musgo, líquenes y algunas otras especies en menor cantidad.
El piso nival incluye toda la superficie cubierta por nieves y glaciares en donde no existe ningún tipo de vegetación. En el volcán Cotopaxi, la nieve empieza a partir de los 4.800m de altura promedio, aunque actualmente hay zonas como su lado occidental inicia a los 5.100m y en sus flancos orientales este nivel puede iniciarse desde los 4.600 m. de altitud.
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